油菜籽粒小，皮薄，与空气接触面积大，很容易吸收潮气。在贮藏中极易生芽、发热、霉变。如水分在13％以上的油菜籽，往往仅一昼夜时间，就可全部霉变，温度上升到50℃以上，粒面全部被菌落覆盖而成灰白色，使品质大为降低。因此，贮藏菜籽必须在入库前充分晒干，使水分控制在9％～10％以内。油菜籽入库必须按水分大小，品质好坏分别堆放。一般水分在9％以下，杂质不超过5％的菜籽，适于长期贮存，可散堆1.5～2米高，包装12包高；水分在10％～12％的菜籽，散装1米高，包装6～8包高，并且只能短期贮藏；水分12％以上的油菜籽应抓紧处理，否则随时都可能发热霉变。若在收获油菜籽时正逢梅雨季节，可用塑料薄膜密封自然缺氧贮藏，必要时，还可在密封菜籽堆内施放低剂量磷化铝片实施化学贮藏。但这两种方法都只能作为一种临时的应急措施。